Parafia najprawdopodobniej powstała w XIV w. przy osadzeniu wioski na prawie średzkim. Początkowo należała do niej tylko Skrzebowa z cegielnią i osadą Zielonka. Znane jest imię proboszcza Stefana, którego prezentowali na objęcie urzędu plebańskiego właściciele Skrzebowej, Zofia i Teodoryk, w 1404 r. W aktach sądowych archidiecezji gnieźnieńskiej w 1471 r. jest wzmianka o zatargu na tle majątkowym między właścicielem wioski - Janem Gorzyckim, a plebanem Janem. Uposażeniem parafii były wówczas trzy łany ziemi oraz meszne. Z akt wizytacyjnych archidiakona kaliskiego Macieja Dąbrowskiego, który wizytował parafię w imieniu arcybiskupa gnieźnieńskiego wynika, że w 1639 r. istniał tu kościół drewniany. Podczas wojen szwedzkich (1655-60), kościół ten wraz z zabudowaniami plebańskimi został zrabowany i podpalony - zupełnie spłonął. Przybyły do Skrzebowej w 1663 r. proboszcz ks. Jan Aleksander Baszyński wzniósł nowy, również drewniany kościół, pod wezwaniem św. Marii Magdaleny, którego poświęcenie odbyło się w r. 1681. Przetrwał on do lat trzydziestych XX w. Zbudowany był w formie łacińskiego krzyża z wieżyczką. Rozmiary: 15 na 10 m. Główny ołtarz pochodził z kościoła księży Jezuitów z Kalisza, którzy przekazali go do Raszkowa, a w 1847 r. został przekazany na własność kościołowi w Skrzebowej.
W XIX w. działalnością duszpasterską i społecznikowską wsławił się późniejszy wikariusz generalny Archidiecezji Gnieźnieńskiej ks. prob. Julian Echaust. Na przełomie XIX i XX w., z uwagi na niską zamożność parafii myślano o jej likwidacji. Bardzo często zarządzali nią proboszczowie pobliskiego Raszkowa: ks. Kazimierz Jagielski, ks. Stanisław Małecki, ks. Paweł Winnicki. Parafia na początku XIX wieku liczyła niespełna 300 wiernych.

W nieistniejącym już drewnianym kościele znaleźli miejsce wiecznego spoczynku skrzebowscy proboszczowie:
- Ks. Klemens Mroziński (1690)
- Ks. Kazimierz Piechocki (1715)
- Ks. Jan Chryzostom Wagner (1771)
- Ks. Benedykt Kawicki (1791)
- Ks. Jan Baszyński (1806)
- Ks. Józef Żgardziński (1815)
(podano za: ks. Leopold Szwankowski, Kościół parafialny w Skrzebowie, Poznań 1936)

Ponadto na cmentarzu parafialnym zostali pochowani:
- Ks. Jakub Schnarbach (1919)
- Ks. Stefan Jadomski (1923)
- Ks. Wincenty Mierzejewski (1934)
- Ks. Antoni Stróżyński (1978)
- Ks. Wiktor Kokott (1994)

Jeden raz w historii parafię odwiedził Prymas Polski. Było to 1 września 1935 r. Przybył tu i modlił się przed skrzebowskim Obrazem ks. kard. August Hlond, arcybiskup gnieźnieńsko-poznański. Przyjechał na kilka godzin z Raszkowa, gdzie przewodniczył uroczystościom Kongresu Eucharystycznego. Staraniem ks. prob. Leopolda Szwankowskiego w latach 1936-37 wybudowano nowy, murowany kościół wg projektu Franciszka Morawskiego i Jana Wellengera. W 1935 roku do parafii skrzebowskiej przyłączono Bieganin, który wcześniej należał do parafii raszkowskiej. W okresie międzywojennym parafia powiększała się również o wiernych z Moszczanki - nowo osiedlających się Polaków. Do końca I wojny światowej miejscowość ta była zamieszkała jedynie przez Niemców wyznania ewangelickiego. Obecnie parafia skrzebowska liczy około 850 wiernych.
 
Przynależność diecezjalna i dekanalna

Od początku istnienia do 1925 r. Skrzebowa była parafią Archidiecezji Gnieźnieńskiej. Wówczas decyzją papieża Piusa XI została wraz z całym dekanatem ołobockim włączona do Archidiecezji Poznańskiej. 25 marca 1992 r. weszła w skład nowo powstałej Diecezji Kaliskiej. Przez długie wieki należała do dekanatu ołobockiego i dopiero w r. 1978 wraz z okolicznymi parafiami znalazła się w dekanacie ostrowskim pod wezw. św. Antoniego. Od dnia 1 grudnia 1996 r. wchodzi w skład dekanatu raszkowskiego.